Древо жизни (филогенетическое дерево, эволюционное дерево) - дерево, которое отражает эволюционные взаимосвязи между отдельными видами или другими таксонами, имеющими общего предка.

В настоящее время наиболее простым и действенным способом определения эволюционных взаимосвязей считается анализ геномов. По полной последовательности ДНК живого организма можно совершенно точно определить его биологический вид, а также сравнить с любым другим видом. Количество различий в последовательности ДНК двух видов - прямой и объективный показатель эволюционного расстояния между ними. Этот метод показал, что прокариоты делятся на 2 группы: археи (или архебактерии) и бактерии (или эубактерии).

Археи были определены в отдельное надцарство из-за того, что их механизмы транскрипции, трансляции и репликации больше напоминают эукариот, а внешний вид, преобразование энергии и метаболизм ближе к эубактериям.

Таким образом, живой мир был разделен на 3 надцарства: бактерии, археи и эукариоты:

 

Рисунок 1. Три надцарства живого мира. Древо жизни построено на сравнении нуклеотидных последовательностей рРНК (рибосомной РНК) различных видов. Длина линий - это число эволюционных изменений, которые возникли в этой молекуле в каждой генеалогической ветви. Серые участки означают неясность относительно схемы расхождения видов.

Эволюционное дерево может быть построено на сравнении нуклеотидных и аминокислотных последовательностей других молекул, а не только рРНК.